El culto de San Sebastián ha estado siempre unido al de San Fabián. Los martirologios más antiguos ponían ya juntos sus nombres y juntos permanecen aún en las Letanías de los santos.

No obstante las amenazas de persecución, el Papa San Fabián (236-250) organizó el cuadro religioso de la Roma cristiana, dividiendo la ciudad en siete distritos, administrados cada uno por un diácono. Fue una de las primeras víctimas de la persecución de Decio, quien lo consideraba como enemigo personal y rival suyo.

La Iglesia disfrutaba de paz en la segunda mitad del siglo III, con lo que creció mucho el número de cristianos. El resultado fue que se extendió una cierta molicie y se originaron diversas luchas intestinas entre los cristianos, como explica el historiador Eusebio. A finales del siglo la Providencia permitió una nueva persecución, de parte de Diocleciano y Maximino, que la empezaron precisamente por los miembros de las tropas. Uno de los casos más famosos fue el del soldado Sebastián.

Sebastián, hijo de familia militar y noble, era oriundo de Narbona, pero se había educado en Milán. Llegó a ser capitán de la primera cohorte de la guardia pretoriana. Era respetado por todos y apreciado por el emperador, que desconocía su cualidad de cristiano. Cumplía con la disciplina militar, pero no participaba en los sacrificios idolátricos. Además, como buen cristiano, ejercitaba el apostolado entre sus compañeros, visitaba y alentaba a los cristianos encarcelados por causa de Cristo.

Esta situación no podía durar mucho. Fue denunciado al emperador. Maximino lo llamó, le afeó su conducta y le obligó a escoger entre ser su soldado o seguir a Jesucristo. Sebastián no dudó, escogió la milicia de Cristo. Desairado el emperador, le amenazó de muerte.

El cristiano Sebastián, convertido en soldado de Cristo por la confirmación, se mantuvo firme en su fe. Entonces, enfurecido Maximino, lo condenó a morir asaeteado, es decir atravezado por flechas. Los sagitarios lo llevaron al estadio, lo desnudaron, lo ataron a un poste y lanzaron sobre él una lluvia de saetas. Y lo dejaron allí por muerto.

Según el relato de su martirio, sus amigos que estaban al acecho, se acercaron y al ver que aún estaba vivo, lo recogieron, y lo llevaron a casa de una noble cristiana romana, llamada Irene, que lo mantuvo escondido en su casa y le curó las heridas hasta que quedó restablecido. Le aconsejaban sus amigos que se ausentara de Roma, pero no quiso Sebastián, pues ya se había encariñado con la idea del martirio.

Se presentó inesperadamente ante el emperador, que quedó desconcertado, pues lo daba por muerto. Sebastián le reprochó con energía su conducta por perseguir a los cristianos. Maximino mandó que lo azotaran hasta morir. Los soldados cumplieron esta vez sin errores el encargo y tiraron su cuerpo en un lodazal. Los cristianos lo recogieron y lo enterraron en la Vía Apia, en la célebre catacumba que lleva el nombre de San Sebastián.

El culto a San Sebastián es muy antiguo. Es invocado contra la peste y contra los enemigos de la religión. Es uno de los santos más populares y de los que tiene más imágenes y más iglesias dedicadas. Es llamado el Apolo cristiano, uno de los santos más reproducidos por el arte, pues como el martirio lo presenta con el torso desnudo y cubierto de flechas, tenían los artistas más campo de acción. Pero la belleza estaba sobre todo en su alma, en su inquebrantable fidelidad a Cristo, que él prefirió a todas las ventajas y prestigios humanos, que le ofrecía el emperador.

San Ambrosio, que luego sería arzobispo de Milán, fue su gran panegirista: "Aprovechemos el ejemplo del mártir San Sebastián. Era oriundo de Milán y marchó a Roma en tiempo en que la fe sufría allí una terrible persecución. Allí padeció, mejor dicho, allí fue coronado".

En el cielo goza de doble aureola de mártir, pues padeció doble martirio, suficiente cada uno de ellos para alcanzar la corona de la gloria. Su generosidad en arrostrarlo por segunda vez es un ejemplo para todos.