Según la tradición, los padres de Apolonia no tenían descendencia a pesar de sus constantes oraciones a sus dioses. Finalmente la futura madre le pidió a la Virgen Santísima que interceda por ellos. Cuando la joven Apolonia conoció las circunstancias de su nacimiento, se hizo cristiana.

San Dionisio, obispo de Alejandría, fue testigo de la muerte de Apolonia quien era para entonces una diaconiza de edad avanzada. La describió en una carta a Fabio que fue preservada por Eusebio, obispo de Antioquia.

Se apoderaron de Apolonia, prendiendo una gran hoguera fuera de la ciudad, la amenazaron con arrojarla dentro si no pronunciaba ciertas palabras impías. Les rogó que le dieran unos momentos de tregua, como si fuera a considerar su posición. Entonces, para dar testimonio de que su sacrificio era perfectamente voluntario, tan pronto como la dejaron libre, se lanzó dentro de las llamas.

San Agustín explica por que razón anticipó su muerte. El santo supone que obró por una dirección particular del Espíritu Santo, porque de otra manera no sería lícito hacerlo; nadie puede apresurar su propio fin.