Nació en Almodóvar del Campo. Hizo estudios de Teología y Derecho en Salamanca y Alcalá. Ya sacerdote en 1525, mira como posibilidad la difusión del Evangelio en las Indias y mantiene contacto con los dominicos, principalmente con Garcés.

Pero el sur de España fue su parcela de siembra. En Écija comienza su predicación y a leer públicamente las epístolas de san Pablo, reúne niños en la misma casa donde se hospeda para enseñarles el catecismo, a los mayores les comenta la Pasión y junta a un grupo de sacerdotes celosos, predicadores y austeros.

Lo mismo hizo en Alcalá de Guadaira. Su actividad poco común, y la claridad en la doctrina conjugada con la ascética personal más dura le valieron la envidia; por eso no pudo publicar con su firma el conjunto de libros espirituales, entre ellos uno sobre el modo de rezar el rosario; la traducción del Kempis que por largo tiempo se atribuyó al también dominico Luis de Granada.

Su actividad se traslada a Córdoba y luego a Granada donde, ya como maestro, tiene sitio y parte apostólica activa en la universidad recién creada por el arzobispo don Gaspar de Ávalos. Es ya todo un movimiento sacerdotal de predicadores y confesores cuyo director es el Maestro Ávila que les inculca frecuencia en la confesión, amor a la Eucaristía, oración, contemplación de la Pasión de Cristo y familiaridad con las Sagradas Escrituras.

Tan popular es su figura, tan evangélico su mensaje, tan claro su ejemplo, tan sincera su entrega y tan cargado de frutos su celo que el jesuitismo incipiente se plantea seriamente incorporarlo a sus filas para el bien de la Iglesia y del Reino.

Llegaron las enfermedades con su compañía de achaques, limitación y dolores que ya no desaparecerán hasta la muerte. Entonces se plantea Juan dejar a la Compañía la herencia de hombres y colegios, pero la persecución del cardenal Silíceo, obliga a tomar precauciones a la Compañía ante los conversos y cristianos nuevos.

Murió Juan de Ávila el 10 de mayo de 1569 con humildad y piedad ejemplar, repitiendo los nombres de Jesús y María. Fue beatificado en 1894; Pío XII lo proclama patrón del clero español y lo canoniza Pablo VI en 1970, el 31 de mayo.