Nació en Zaragoza, en el hermoso palacio de la Aljafería. Era hija de Pedro III el Grande, nieta de Jaime el Conquistador y sobrina nieta de Santa Isabel de Hungría. Desde niña fue muy inclinada a la piedad y más atenta a las virtudes de su tía abuela que a las hazañas de su padre y abuelo.
A los doce años (1283), fue entregada en matrimonio al rey Denís de Portugal, de quien tuvo una hija y un hijo. Su vida se vio señalada por múltiples pruebas, que soportó llena de fe. El rey, que la abandonó pronto, empezó a acusarla de mala conducta, mientras ella llevaba su abnegación hasta a educar a los hijos adulterinos de aquél.
Denís, acusador inveterado, entró en conflicto con su yerno, y más tarde con su hermano, en tanto que su propio hijo se alzaba contra él. A esto respondía Isabel multiplicando sus ayunos y esfuerzos cerca de los interesados a fin de reconciliarlos. Después, sobrevinieron los duelos familiares: su hija y su yerno murieron jóvenes.
El rey murió en 1325. Delante del cadáver Isabel se viste el hábito de la Tercera Orden de San Francisco y empieza una vida completamente consagrada a Dios, a los pobres y a los enfermos. Se hace peregrina, llega a Compostela, y ante el Apóstol deja todas sus insignias reales. Visita hospitales y mientras besa a los apestados va sembrando milagros.
Habiendo brotado de nuevo la guerra, en esta ocasión entre su hijo y uno de sus nietos; se puso en camino para reconciliarles, pero moriría en el transcurso del viaje en Estremoz (1336). Madura ya para el cielo, exhala el último suspiro invocando a la Virgen María.
Se celebra hoy también la advocación de Nuestra Señora Refugio de los Pecadores. En honor de ella una parroquia fue creada en Boulogne (San Isidro) el 18 de diciembre de 1989.