Se cuenta con más de 61a0 animales taxidermados, más del 95% de ellos pertenecientes a la fauna Argentina, y de los cuales 440 son aves, el resto son mamíferos, ofídeos, saurios, quelonios y peces.
 
La colección de insectos se cuenta por miles, desde diminutos escorpiones a las más grandes mariposas. También se pueden encontrar especies animales muy extrañas como el Dragón de Komodo y el Tiburon Martillo.

También se cuenta con una extensa colección de piezas catalogadas en la minerología, arqueología y paleontología. Se exhiben dos cráneos pertenecientes a aborígenes de distintos puntos del país y una caparazón de gliptodonte. Gran parte de estas piezas son recuperadas de la historia por los alumnos en sus viajes de estudio y hallazgos fortuitos. Para visitar este museo sugerimos informarse telefónicamente sobre los horarios al publico en general, el museo esta a cargo del Prof. Rubén Gobato.

El museo histórico del Colegio Marín alberga una extensa colección de objetos que se usaron a la lo largo de nueve décadas los profesores de la Orden de La Salle y la actual conducción Diocesana.

Entre los objetos más antiguos de principios del siglo XX se pueden encontrar proyectores de daguerrotipos, sillón de odontólogo, instrumental asistencial perteneciente a la enfermería del colegio, camas que fueron las que utilizaban los pupilos y elementos recreativos.

También se puede encontrar una gran cantidad de objetos religiosos utilizados por décadas e imágenes religiosa de gran tamaño que ocuparon distintos lugares en la capilla y espacios del colegio.

El museo se ubica en un subsuelo antiguamente utilizado como taller para elaboración de vinos y bodegas para añejamiento, para visitarlo se encuentra abierto todos los días por la mañana.
 
El Profesor Gobato, ha realizado una intensa actividad en el colegio "Carmen Arriola de Marín" durante gran parte de su vida. Cursó su educación primaria y secundaria junto a los hermanos lasalleanos recibiéndose de maestro. Desde el año 1970 trabajó como docente primario, vicedirector de educación primaria y profesor orientador de la educación secundaria.

Con el correr de los años colaboró en la reorganización del Museo de Ciencias Naturales y promovió la formación del Museo Histórico. El Museo Es muy interesante porque cuenta con objetos de variados orígenes. Por ejemplo un consultorio odontológico perteneciente a la época en la que los alumnos eran pupilos y vivían en el colegio. También tienen las imágenes de la antigua capilla del colegio que se reformó hacia 1960, al reconstruirse se simplificó mucho y se sacaron estatuas, estas ahora se encuentran en el museo. Hay material de enseñanza, láminas, mapas, partes del laboratorio del gabinete de física. Una vitrina dedicada a la telefonía, a la fotografía, a la televisión, hay cinematografía y hasta tenemos la primera tentativa de computación en el colegio, grabadoras y radios.

En 1912 se hizo una compra tremenda de aparatos de física y de electricidad para la enseñanza, vinieron de la ciudad de Chicago. También se adquirieron aparatos de óptica, microscopios, medidores de luz, aparatos de sonido para física, que vinieron de Paris, Francia. El televisor más viejo que tuvo el colegio era un televisor enorme que por supuesto se veía en blanco y negro que funcionaba con válvulas de vidrio. Antiguamente el teatro Marín, los domingos, se transformaba en una sala de cine que tenía máquinas profesionales, las películas se alquilaban en Buenos Aires. Todo esto está expuesto en el Museo Histórico.