La diócesis de San Isidro fue creada el 11 de Febrero de 1957 mediante la bula Quandoquidem Adoranda de Su Santidad Pío XII.
El primer obispo fue Antonio María Aguirre (13.Sept.1908 / 01.Jun.1987) quien llegó a ese nombramiento luego de poco mas de 13 años de sacerdote.
El 2 de Mayo de 1959 el papa Juan XXIII con el breve Plantaria novella declaró oficialmente a San Isidro Labrador como patrono principal de la diócesis.
El 10 de Abril de 1961 cedió una porción de su territorio para la erección de la diócesis de San Martín mediante la bula Hispanae linguae del papa Juan XXIII.
El 27 de Marzo de 1976 cedió una porción de su territorio para la erección de la diócesis de Zárate-Campana mediante la bula Qui divino Concilio del papa Pablo VI.
Ejerció hasta el 13 de Mayo de 1985 cuando asumió Alcides Jorge Pedro Casaretto quien tenía 21 años de sacerdote y ya había ejercido funciones como obispo (en Rafaela y San Isidro) desde 1976.
El 30 de Diciembre de 2011 monseñor Oscar Vicente Ojea, de 65 años, asumió como obispo titular, luego de 2 años de ejercicio como coadjutor. Había sido obispo auxiliar de Buenos Aires desde 2006.
El 12 de Diciembre de 2014 el presbítero Martín Fassi (54) recibió su ordenación episcopal y comenzó sus funciones como obispo auxiliar de la diócesis de San Isidro. Desde el 26 de Diciembre de 2020 es el obispo de la diócesis de San Martín (Buenos Aires).
El 7 de Diciembre de 2018 el presbítero Guillermo Caride (56) recibió la ordenación episcopal y comenzó sus funciones como obispo auxiliar de la diócesis de San Isidro.
El 26 de Febrero de 2021 el presbítero Raúl Pizarro (47) recibió la consagración episcopal e inició su ministerio como obispo auxiliar de la diócesis.
La diócesis abarca una extensión de 1.379 km2 donde viven 1.200.000 bautizados.
