San Isidro no siempre se llamó San Isidro. Hasta 1816 se lo conoció como Pago de la Costa.
La primera autoridad en el Pago de la Costa fue el Comisionado de Justicia, cargo que recayó por primera vez en Juan Benavides, que juró ante el Cabildo el 22 de Febrero de 1717. Años después se instituyó el cargo de Alcalde de la Santa Hermandad, elegido anualmente por los Cabildos.
Los Alcaldes de la Santa Hermandad constituían la autoridad judicial del lugar, encargados de hacer cumplir las leyes vigentes. El primer Alcalde de San Isidro fue Juan Zacarías de Arroyo, quien asumió en 1779.
En 1821, Bernardino Rivadavia -entonces ministro Martín Rodríguez, el gobernador de Buenos Aires-, suprimió ese cargo y creó la figura del Juez de Paz, que concentró las funciones desempeñadas por los Alcaldes hasta 1855, año en que se crearon las municipalidades en los partidos de la provincia de Buenos Aires.
Por aquellos años, el contexto político nacional era complejo. Vencido Juan Manuel de Rosas y jurada la Constitución Nacional en 1853, la Confederación inició su organización política, pero la provincia de Buenos Aires se rebeló en Setiembre de 1853 proclamando su autonomía y, al año siguiente, juró su propia Constitución.
En 1861, luego de años de desacuerdos y enfrentamientos, Buenos Aires se incorporó a la Nación como una provincia más.
Con este marco, San Isidro nació como Partido. El 27 de Enero de 1856, las campanas de la iglesia tocaron a las 11:00 de la mañana y convocaron al pueblo para darle la noticia.
Con el fin de hacer efectivo lo dispuesto en la Ley de Municipalidades, Benigno Velázquez, Félix Ballester, Miguel Polero, Victorino de Escalada y el presbítero Carlos Palomar se reunieron en la casa de Fernando Alfaro (actual esquina de la Avenida del Libertador e Ituzaingó) quien fue electo Presidente de la Comisión Municipal, conservando también las facultades de Juez de Paz, y gobernaría desde ese mismo lugar.
Por entonces, la Municipalidad tenía un solo empleado con sueldo (el secretario), y los demás trabajaban ad honorem.
Carente de comodidades, el ingreso más importante provenía del alquiler de tierras fiscales y la coparticipación de la provincia por el impuesto sobre la propiedad. El aumento de la población y el desarrollo que se dio en el país en los años posteriores hicieron indispensable una nueva organización administrativa.
De allí que, en 1886, se promulga la Ley Orgánica de Municipalidades de la provincia de Buenos Aires, que crea el sistema que permite la elección del intendente y del Concejo Deliberante.
Las funciones del intendente se limitaron a lo político y administrativo, en tanto la justicia quedó a cargo de los jueces de paz. El intendente era nombrado por los concejales, que a su vez elegían anualmente al presidente del Concejo Deliberante.
El primer intendente electo fue Isidro Neyer en 1887.
Actualmente, como se sabe, la Municipalidad está a cargo de un Poder Ejecutivo y otro Legislativo. Al primero lo representa un ciudadano, el intendente, que es elegido cada cuatro años. En tanto, el Legislativo está constituido por 24 concejales, que ejercen durante cuatro años y se renuevan por mitades cada dos.
El edificio donde funciona el Concejo Deliberante actualmente, en 25 de Mayo 459, San Isidro, fue habilitado en 1875 como Palacio Municipal y es sede del poder legislativo local desde el 26 de Marzo de 1988.
Esta es la lista de autoridades municipales de San Isidro desde 1885 hasta la actualidad:
