El Padre Guillermo Brett fue designado por Castiglia como el primer capellán. Él mismo comenzó a incentivar a los ex alumnos que consideraba capacitados para la jefatura de esta nueva obra, pero ellos esquivaban la propuesta ante la importancia del cargo. Pero el Padre Guillermo siguió insistiendo, buscando una señal y cuando ésta se produjo "atacó" firmemente: "-Vos Mac Inervy, vos sos el indicado. No me podés fallar". Y así fue, esa misma noche el colegio oyó las órdenes marciales con los que el Padre instruía al elegido.

Las primeras escuadras de 50 entusiastas muchachos fueron las semillas de este espléndido árbol.

El 25 de Mayo de 1916 el Batallón hizo su presentación formal ante las autoridades de la municipalidad sanisidrense y en Agosto del año siguiente jura la bandera solemnemente.

Desde entonces "El XIII" como se dio en llamarlo, estuvo presente en celebraciones religiosas y patrióticas del partido de San Isidro.

Hay una curiosa anécdota que habla del carácter de nuestro primer capellán. La primera bandera del Batallón era realmente pobre y el capellán consideraba que no podía faltar una enseña digna, así como también el reconocimiento oficial a ese grupo de muchachos. Por lo tanto elevó el pedido a las autoridades municipales y ante la respuesta negativa, como ellos eran amigos de la obra salesiana decidieron costear la compra de la bandera de sus bolsillos. Pero el Padre Guillermo era firme en sus principios y no consideró apropiado el obsequio. Y así llegó hasta el Concejo Deliberante reiterando una y otra vez que "oficialmente" debían brindar su reconocimiento y apoyo a la obra. Esta simple bandera fue el inicio de un constante apoyo que las autoridades municipales prestaron al Batallón, a través de los tiempos, con uniformes, mochilas, instrumentos y micros entre otras cosas.

También hubo sucesos ingratos que fueron sobrellevados y salvados por la Fe y Esperanza. Un día el Batallón encabezado por la nueva bandera marchaba hacia la entonces Parroquia de San Isidro y se produjo un gran accidente: un caballo desbocado que llevaba un carro enfiló hacia la formación; se produjo una lógica confusión de gritos y, lamentablemente, un explorador, el más pequeño, Adolfo Rivera, al tratar de huir cayó bajo las ruedas del carro una de las cuales le cruzó la espalda. El cuadro era desfavorable y sus compañeros exploradores iniciaron una novena a María Auxiliadora. Al quinto día Adolfo ya estaba en el colegio y el 8 de diciembre de 1938 dio su primera misa en "la Capilla": se había convertido en el primer sacerdote salesiano de San Isidro.

Con el correr del tiempo se vio la posibilidad de abrir la agrupación femenina del Batallón. Fue una de las primeras reconocidas oficialmente en el año 1969. Desde ese entonces vienen trabajando a la par tanto chicos como chicas.

En el año 1985 el Batallón sufrió un gran incendio que acabó con la mayor parte del depósito (se perdieron carpas, uniformes, materiales y con ello todo el archivo histórico del batallón). A pesar de que ese hecho provocó una gran angustia en todos los chicos y jefes, el batallón pudo salir adelante gracias a la ayuda de María Auxiliadora y todo el esfuerzo de los integrantes del XIII.